Ngày 7 tháng 5 năm 2007, Nesta kết hôn với vị hôn thê Gabriela Pagnozzi trong một lễ cưới được tổ chức tại Milan. Gabriela từng làm việc tại Casa Italia, nơi đóng quân của đội tuyển Ý tại vòng chung kết World Cup 1998, hai người gặp nhau lần đầu sau khi Nesta bị chấn thương trong trận gặp đội tuyển Áo. "Tại Pháp tôi đã gặp chấn thương và cô ấy, chấn thương thì rời đi nhưng cô ấy thì ở lại với tôi mãi mãi", Nesta nói về cuộc gặp gỡ định mệnh với vợ mình. Hai người có con gái đầu lòng Sofia năm 2006 và con trai Tommaso năm 2008.